pubmed_cinii_mcp_server by masa061580 - MCP Server

PubMed + CiNii MCP Server

日本語

PubMed（英語文献）と CiNii Research（日本語文献）の両方を検索できる統合 MCP (Model Context Protocol) サーバーです。

機能一覧

PubMed ツール（英語文献）

ツール	説明
`search`	PubMed検索（MeSHサポート、1-200件）
`fetch`	単一PMIDのアブストラクト取得
`fetch_batch`	複数PMIDのアブストラクト一括取得
`get_full_text`	PMCIDの全文取得
`count`	検索結果件数の取得
`find_similar_articles`	類似論文の検索
`export_to_ris`	RIS形式エクスポート
`get_citation_counts`	iCite APIで被引用数取得
`download_pdfs`	PDFダウンロード

CiNii ツール（日本語文献）

ツール	説明
`search_japanese`	CiNii Research検索（抄録含む）
`export_to_ris_japanese`	日本語論文のRIS形式エクスポート

API キーの取得方法

NCBI API Key（PubMed用）

NCBI アカウント設定にアクセス
NCBI アカウントでログイン（なければ作成）
「API Key Management」セクションで「Create an API Key」をクリック
生成されたキーをコピーして .env ファイルに設定

※ API キーがない場合は 3 req/s、ある場合は 10 req/s のレート制限

CiNii APP ID（日本語文献用）

CiNii API 利用登録ページにアクセス
「API利用登録」から新規登録
必要事項を入力し、利用目的を記載して申請
登録完了後、メールでアプリケーション ID が通知されます

※ 学術研究目的での利用が前提です

インストールと起動

# リポジトリをクローン
git clone https://github.com/your-username/pubmed_cinii_mcp_server.git
cd pubmed_cinii_mcp_server

# 依存関係をインストール
pip install -r requirements.txt

# 環境変数を設定
cp .env.example .env
# .env ファイルを編集して API キーを設定

# サーバーを起動
python pubmed_mcp_server.py

Koyeb へのデプロイ

GitHub リポジトリを Koyeb に接続
以下の環境変数を設定:
- NCBI_API_KEY
- NCBI_EMAIL
- CINII_APP_ID
- PORT=8000
ビルドコマンド: pip install -r requirements.txt
実行コマンド: python pubmed_mcp_server.py

OpenAI/Claude での設定

サーバーが https://your-app.koyeb.app で動作している場合:

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-cinii": {
      "url": "https://your-app.koyeb.app/sse"
    }
  }
}

使用例

# PubMed検索
「machine learning in medicine」で論文を検索して

# CiNii検索
「機械学習」に関する日本語論文を検索して

# 日本語論文のRISエクスポート
検索結果をRIS形式でエクスポートして

English

An integrated MCP (Model Context Protocol) server that can search both PubMed (English literature) and CiNii Research (Japanese literature).

Features

PubMed Tools (English Literature)

Tool	Description
`search`	PubMed search with MeSH support (1-200 results)
`fetch`	Retrieve abstract for single PMID
`fetch_batch`	Batch retrieve abstracts for multiple PMIDs
`get_full_text`	Get full text for PMCID
`count`	Get search result count
`find_similar_articles`	Find similar articles
`export_to_ris`	Export to RIS format
`get_citation_counts`	Get citation counts via iCite API
`download_pdfs`	Download PDF files

CiNii Tools (Japanese Literature)

Tool	Description
`search_japanese`	Search CiNii Research (includes abstracts)
`export_to_ris_japanese`	Export Japanese papers to RIS format

How to Get API Keys

NCBI API Key (for PubMed)

Visit NCBI Account Settings
Log in with your NCBI account (create one if needed)
Click "Create an API Key" in the API Key Management section
Copy the generated key to your .env file

※ Rate limit: 3 req/s without API key, 10 req/s with API key

CiNii APP ID (for Japanese Literature)

Visit CiNii API Developer Registration
Click "API利用登録" (API Registration)
Fill in required information and describe your usage purpose
After registration, you will receive your APP ID via email

※ Usage is limited to academic research purposes

Installation and Running

# Clone repository
git clone https://github.com/your-username/pubmed_cinii_mcp_server.git
cd pubmed_cinii_mcp_server

# Install dependencies
pip install -r requirements.txt

# Configure environment variables
cp .env.example .env
# Edit .env file with your API keys

# Start server
python pubmed_mcp_server.py

Deploy to Koyeb

Connect your GitHub repository to Koyeb
Set environment variables:
- NCBI_API_KEY
- NCBI_EMAIL
- CINII_APP_ID
- PORT=8000
Build command: pip install -r requirements.txt
Run command: python pubmed_mcp_server.py

Configuration for OpenAI/Claude

If your server is running at https://your-app.koyeb.app:

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-cinii": {
      "url": "https://your-app.koyeb.app/sse"
    }
  }
}

Usage Examples

# PubMed search
Search for papers on "machine learning in medicine"

# CiNii search (Japanese)
Search for Japanese papers on "機械学習"

# Export to RIS
Export search results to RIS format

License

MIT

masa061580/pubmed_cinii_mcp_server